Hver morgen står Kubo op og laver mad til sin mor, som så sætter sig i solen foran hulen, hvor de bor. Så tager han ind til landsbyen, hvor han tjener nogle skillinger på at fortælle sine magiske historier om samuraier og monstre og heltegerninger. Og hver aften inden mørkets frembrud er han tilbage i hulen, hvor hans mor fortæller om hans far – samuraien, der forsøgte at overvinde Månekongen. Men en aften når Kubo ikke i ly i hulen inden mørkets frembrud. Og så viser historierne sig at være sande: Månekongens døtre kommer efter ham, og kun moderens selvopofrelse redder ham. Helt alene i verden må Kubo nu fuldføre sin fars mission. Ved sin side har han dog den beskyttende Abe og snart den temmelig forvirrede Bille (som vist nok er en forhekset samurai, men det kniber med hukommelsen). Sammen må de udholde storme og sult, krydse forræderiske vande, modstå Øjnenes Have, undslippe Skeletkrigeren og opsøge det ensomme slot – for endelig at være klar til at møde Månekongen.
LAIKA-studiet har skabt et episk eventyr i et magisk, fortidigt Japan, hvor man på en gang fascineres af skønheden i stop-motion animationen og ganske glemmer, at der ikke er tale om virkelige figurer.