Da newyorker-løven Alex første gang ser den afrikanske savanne, bliver han slået af en fornemmelse af déjà vu. Og det er ikke så underligt, for som unge blev han bortført netop herfra. Alex er kommet hjem! Egentlig ville han, zebraen Marty, giraffen Melman og flodhesten Gloria hjem til New York, men deres fly, som en flok foretagsomme pingviner fik flikket sammen af et gammelt vrag, når ikke langt fra Madagaskar, før det går galt. Strandet i Afrika finder de fire venner imidlertid ud af, at dette kan være det paradis, de har drømt om. Marty finder endelig ligesindede (og stribede) venner at flokkes med, Gloria finder en flot flodhest, og hypokonderen Melman opdager, at hans leksikalske viden om egne dårligdomme kommer ham til nytte som savannens medicinmand. Og Alex finder sin far og mor og opdager, at han er arving til tronen som løvernes konge. Så er det bare ærgerligt, at onkel Makunga har egne planer om arvefølgen, ligesom en vis hårdtslående pensionist fra New York endnu engang får skovlen under Alex.
Tekst fra pressemateriale